Targeted sequencing (riktad sekvensering)
Targeted sequencing är en metod där man bara läser av utvalda delar av arvsmassan i stället för hela genomet. Tekniken används för att undersöka specifika gener eller regioner med hög noggrannhet och till lägre kostnad.
Vid targeted sequencing, på svenska riktad sekvensering, väljer forskare eller laboratorier i förväg ut vilka delar av DNA:t som ska analyseras. I stället för att läsa av hela arvsmassan, som vid helgenomsekvensering, fokuserar man på ett begränsat antal gener eller intressanta regioner. Det gör metoden snabbare, billigare och ofta mer exakt för just de områden man vill studera.
En viktig del av tekniken är berikning (på engelska enrichment). Innan själva avläsningen fångar man upp de utvalda DNA-bitarna, ofta med hjälp av små konstgjorda DNA-sonder som binder till just de regioner man är intresserad av. På så sätt anrikas materialet så att sekvenseringsmaskinen i huvudsak läser av relevanta delar. Resultatet blir att varje utvald position kan läsas av många gånger om, vilket ger ett så kallat högt täckningsdjup och därmed större säkerhet i resultatet.
Ett vanligt exempel är ett så kallat genpanel-test inom sjukvården. Om en läkare misstänker en ärftlig form av bröstcancer kan ett laboratorium rikta in sig på ett urval gener, exempelvis BRCA1 och BRCA2, och analysera dem i detalj. Då slipper man kostnaden och den enorma datamängden från att kartlägga hela genomet, samtidigt som man får mycket tillförlitliga svar om just de gener som har betydelse för frågeställningen.
Inom släktforskning och DNA-test för konsumenter används riktad sekvensering bland annat vid djupgående analys av Y-DNA och mitokondrie-DNA. Företag kan rikta in avläsningen mot specifika markörer eller hela mitokondriegenomet för att fastställa haplogrupper och hitta detaljerade kopplingar längs faderslinjen eller moderslinjen.
Det ska skiljas från de vanligaste autosomala DNA-testerna som många köper för släktforskning. Dessa bygger oftast på en annan teknik som kallas mikroarray eller SNP-chip, där man läser av hundratusentals enskilda positioner men inte sekvenserar dem bokstav för bokstav. Targeted sequencing ger mer detaljerad information per region, medan mikroarray ger en bred översikt till låg kostnad.
Sammanfattningsvis är riktad sekvensering ett kraftfullt verktyg när man vet vad man letar efter, men det fångar inte oväntade förändringar i delar av arvsmassan som ligger utanför det valda området.