Variantfrekvensdatabas
En variantfrekvensdatabas är en samling som visar hur vanliga olika genetiska varianter är i befolkningen. Den används för att tolka om en upptäckt DNA-förändring är harmlös eller potentiellt sjukdomsorsakande.
När man analyserar en människas DNA hittar man tusentals varianter, alltså avvikelser från ett standardreferensgenom. De allra flesta av dessa varianter är helt ofarliga och förekommer hos en stor del av befolkningen. För att skilja vanliga, harmlösa varianter från sällsynta och möjligt sjukdomsorsakande behöver forskare och läkare veta hur ofta en variant faktiskt dyker upp hos friska människor. Det är precis detta en variantfrekvensdatabas levererar.
En sådan databas samlar genetisk information från ofta hundratusentals eller miljontals individer och anger för varje variant en så kallad allelfrekvens, det vill säga andelen kromosomer i materialet som bär just den varianten. Om en variant finns hos exempelvis 25 procent av befolkningen är den med stor sannolikhet ofarlig, eftersom en allvarlig sjukdomsvariant sällan kan vara så vanlig. En variant som däremot aldrig eller nästan aldrig observerats kan vara mer intressant att utreda vidare.
De mest kända exemplen är gnomAD (Genome Aggregation Database) och dess föregångare ExAC, som samlar data från ett stort antal anonymiserade individer världen över. Dessa resurser är fritt tillgängliga och har blivit grundpelare inom både klinisk genetik och forskning.
Ett konkret exempel: Tänk dig att ett barn utreds för en oklar muskelsjukdom och man hittar en variant i en gen kopplad till muskelfunktion. Genetikern slår upp varianten i en variantfrekvensdatabas. Om varianten finns hos flera procent av befolkningen är den troligen inte orsaken, eftersom så många friska personer bär den. Men om varianten är extremt sällsynt eller helt frånvarande stärks misstanken att den kan vara betydelsefull, och utredningen går vidare.
För släktforskare har dessa databaser mindre direkt betydelse, men de illustrerar en viktig princip: hur vanlig en variant är säger mycket om dess möjliga effekt. Det är också värt att notera att frekvenser kan skilja sig mellan olika befolkningsgrupper. En variant som är sällsynt globalt kan vara vanligare i en viss region eller folkgrupp, vilket gör att tolkningen alltid måste ta hänsyn till bakgrund och ursprung.